So với sản xuất các nguồn protein truyền thống, sản xuất SCP có những ưu thế sau:
- Tốc độ sản xuất tăng nhanh.
- Hàm lượng protein cao (30-80% tính theo trọng lượng khô).
- Có thể dùng các nguồn carbon khác nhau (mà một số chất được coi là chất thải).
- Nhiều chủng vi sinh vật cho năng suất cao, hàm lượng protein cao và chất lượng tốt.
- Diện tích sản xuất nhỏ, sản lượng cao.
- Không phụ thuộc vào mùa vụ, thời tiết.
Nhược điểm quan trọng của SCP là do chúng chứa một hàm lượng acid nucleic cao, đặc biệt là ở vi khuẩn và nấm men. Nếu các loại này được sử dụng cho người thì sẽ là một vấn đề cần quan tâm, vì ở người thiếu enzym uricase xúc tác cho sự oxy hóa acid uric thành allantoin dễ hòa tan. Nếu ăn nhiều các dẫn chất chứa purin sẽ làm tăng hàm lượng acid uric trong máu, aicd này sẽ tạo thành các sỏi đọng lại ở khớp xương và trong bể thận, dễ sinh ra sỏi thận. Hàng ngày mỗi người lớn chỉ nên ăn 20 g nấm men. Đã có những phương pháp nêu ra nhằm làm giảm hàm lượng acid nucleic trong SCP. Tuy nhiên các phương pháp xử lý ấy sẽ dẫn đến việc làm giảm giá trị sinh học của protein đơn bào. Các phương pháp đó có thể là:
- Thủy phân bằng kiềm
- Chiết bằng hóa chất
- Hoạt hóa ARNase (bằng xử lý nhiệt)
Về hiệu suất sinh tổng hợp protein của vi sinh vật thì cao hơn nhiều lần so với động vật chăn nuôi trong các trang trại. Thường so sánh năng suất tạo protein của một con bò nặng 250 kg với 250g vi sinh vật. Trong khi con bò chỉ tổng hợp được 200g protein mỗi ngày thì vi sinh vật nếu tính trên lý thuyết (điều kiện phát triển lý tưởng) chúng có thể tạo được 25 tấn protein cũng trong thời gian ấy. Tuy nhiên con bò cũng có khả năng đặc biệt của nó là biến đổi cỏ thành sữa giàu protein.
Protein từ SCP cũng chứa khá đầy đủ các chất dinh dưỡng quan trọng như amino acid, vitamin, các nguyên tố vô cơ cần thiết cho cơ thể.
Cũng có thể điều khiển quá trình lên men vi sinh vật để tạo ra sinh khối có chứa những chất cần thiết có giá trị sử dụng cao.
Nuôi vi sinh vật để sản xuất SCP có nhiều ưu điểm chính như sau:
- Vi sinh vật phát triển với tốc độ nhanh ở điều kiện tối ưu, một vài loài có thê tăng gấp đôi sinh khối sau 0,5-1 giờ.
- Vi sinh vật dễ dàng bị biến đổi gen hơn động vật và thực vật, do đó có thể tạo ra các loài mới bằng biến đổi gen nhằm tăng tốc độ phát triển, chịu được điều kiện sống khắc nghiệt và điều kiện lên men dễ dàng.
- Vi sinh vật chứa hàm lượng protein cao và có giá trị dinh dưỡng cao.
- Vi sinh vật có thể tạo ra một lượng sinh khối lớn trong một thiết bị lên men dung tích nhỏ và thực hiện quá trình liên tục điều khiển tự động. Diện tích để sản xuất nhỏ, không phụ thuộc vào thời vụ, thời tiết.
- Vi sinh vật có thể phát triển trên môi trường chứa nguyên liệu thô rẻ tiền, cũng có khi chỉ là chất thải. Một vài loài vi sinh vật có thể phát triển trên cơ chất là cellulose – nguồn nguyên liệu thiên nhiên vô tận
