Hàng ngàn năm trước đây loài người đã biết ủ chua để giữ thực phẩm được lâu hơn, biết làm bánh mì, phomat, làm tương, nấu rượu và làm vang từ quả nho.
Ở các nước phương Tây, công nghiệp enzym được hiểu biết chỉ xoay quanh vấn đề nấm men và malt, nghề truyền thống của họ coi như chỉ có công nghiệp làm bánh mỳ là phát triển. Do đó ở nhiều nước phát triển , hóa sinh tập trung vào lên men sản xuất men cho công nghiệp làm bánh mỳ và biến đổi tinh bột thành đường. Trái lại các nước phương Đông chú ý nhiều đến chế biến thực phẩm bằng lên men. Họ sử dụng các nấm ăn làm enzym.
Năm 1905, người ta đã tách được pancrease từ gan bò và lợn. Vào những năm 1950 kỹ thuật enzym phát triển nhanh chóng. Do công nghệ lên men chìm sản xuất penicillin đòi hỏi những hiểu biết mới để lên men ở quy mô lớn vi sinh vật sản xuất enzym, người ta đặc biệt chú trọng đến enzym từ vi sinh vật vì các lý do sau:
- Sự hiểu biết cơ bản về các đặc điểm của enzym đã dẫn đến việc sử dụng rộng rãi enzym vào các lĩnh vực khác nhau của đời sống.
- Hầu hết các enzym ứng dụng trong công nghiệp đều do vi sinh vật tạo ra.
Lên men vi sinh ở quy mô công nghiệp để thu nhận enzym cũng là một công nghệ lên men nuôi vi sinh vật để thu enzym, vi sinh vật tiết các enzym vào môi trường để phân giải cơ chất đồng hóa thức ăn từ môi trường, enzym còn dư thừa trong môi trường được nghiên cứu để thu hồi. Nồng độ enzym tạo ra trong môi trường thường rất thấp (1-2%), việc chiết tách để thu enzym dưới dạng tinh khiết cũng rất khó khăn, nhất là các enzym có yêu cầu tinh khiết cao dùng trong y học. Ví dụ 1 gam enzym tinh khiết có giá vài trăm đôla, trái lại enzym dạng thô hoạt lực 1% giá chỉ có 1 đôla/kg. Thường sử dụng enzym dạng thô cho công nghệ chế biến thực phẩm,làm trong bia, nước quả… Phần lớn enzym ứng dụng trong công nghiệp đều là enzym ngoại bào, một số enzym khác cũng được sản xuất công nghiệp, nhưng lại là enzym nội bào. Ví dụ gluco oxydase dùng bảo quản thực phẩm, asparaginase dùng điều trị ung thư máu…
Nghiên cứu enzym nội bào vẫn còn là vấn đề hấp dẫn nhằm tìm ra các enzym đặc hiệu dùng trong chẩn đoán và điều trị. Việc phát hiện ra tính chất tẩy rửa của enzym đã làm cho công nghệ này phát triển nhanh chóng trong những năm gần đây, nó làm giảm bớt đi lao động đơn giản, giảm đi sự ô nhiễm môi trường. Các nước Tây Âu thường giặt quần áo bằng nước nóng (65-700C) để quần áo được sạch, trong khi đó ở Mỹ và Canada thường giặt ở 55oC. Ngược lại ở Nhật Bản lại giặt ở nhiệt độ thường nhưng thời gian kéo dài hơn. Nói chung đa số đan chúng ưa thích bột giặt sử dụng ở nhiệt độ bình thường.
Do kỹ thuật sản xuất enzym ngày càng cải tiến nên giá thành giảm liên tục trong những năm qua.
Trong những năm gần đây, kĩ thuật tái tổ hợp ADN ngày càng phát triển và có nhiều ứng dụng, những vi sinh vật biến đổi gen có năng suất tạo enzym cao hơn, cùng với kỹ thuật lên men và thu hồi sản phẩm ngày càng hoàn thiện nên giá thành enzym liên tục giảm. Những enzym dùng trong y học làm kít chẩn đoán hay điều trị một số bệnh hiểm nghèo số lượng dùng rất nhỏ nhưng giá cực kì đắt.
Sự tăng trưởng của thị trường enzym trên thế giới diễn ra theo hai xu hướng: sản xuất các enzym dùng trong công nghiệp với số lượng lớn và các enzym có độ tinh khiết cao với số lượng nhỏ dùng trong phân tochs, chẩn đoán và điều trị.
Trong lĩnh vực enzym hiện nay người ta tập trung vào việc xử lý nguồn cơ chất vô tận là lignocellulosee, mong muốn chúng biến đổi thành những sản phẩm có ích phục vụ cho con người.